國師塔是為了紀念順治皇帝的老師玉琳國師所建。玉琳國師俗名楊通琇，江蘇江陰人。清順治十五年（1658年），世祖福臨召當時的武康名僧玉琳進京，對之“慰勞優(yōu)渥”，送居萬善殿，不時屈駕前往“臨訪道要”。因玉琳和尚出語敏捷，善于應對，很得順治帝的歡心，特賜號“大覺禪師”，以后又晉封“大覺普濟能仁國師”，玉琳曾受命在京城阜成門慈云寺為一千五百個和尚講經說法，并曾領大弟子給皇帝“作佛事七晝夜”，真是極備榮寵。但這位高僧不乏自知之明，正當聲譽日隆時，便急流勇退，辭歸山林，這一來更得朝野的尊崇。 有的說他“于榮利無毫發(fā)矜重”，有的說他“如野鶴孤云，無所留礙”。康熙十四年（1675年），玉琳國師六十二歲時南游，止于（淮陰）慈云庵，跌坐而逝。雍正十三年（1735年）皇帝撥?？钤谠却仍柒值幕A上擴建“慈云禪寺”，乾隆四年（1739年）建成。寺后還建有“能仁國師塔” 。
咸豐十年（1860年）慈云寺毀于兵火。同治元年（1862年），住持僧靜修又募資重建，自殿宇神堂及門庭設施，全部恢復舊觀。
民國七（1918年），軍閥盤踞淮陰，部隊強占寺院，致使慈云寺第二次遭受火災，燒毀大雄寶殿。
現在慈云寺古剎只剩下金剛殿、藏經殿、后殿及部分偏殿、耳房，是一處有待修復的古跡。