國師塔是為了紀(jì)念順治皇帝的老師玉琳國師所建。玉琳國師俗名楊通琇，江蘇江陰人。清順治十五年（1658年），世祖福臨召當(dāng)時的武康名僧玉琳進(jìn)京，對之“慰勞優(yōu)渥”，送居萬善殿，不時屈駕前往“臨訪道要”。因玉琳和尚出語敏捷，善于應(yīng)對，很得順治帝的歡心，特賜號“大覺禪師”，以后又晉封“大覺普濟(jì)能仁國師”，玉琳曾受命在京城阜成門慈云寺為一千五百個和尚講經(jīng)說法，并曾領(lǐng)大弟子給皇帝“作佛事七晝夜”，真是極備榮寵。但這位高僧不乏自知之明，正當(dāng)聲譽(yù)日隆時，便急流勇退，辭歸山林，這一來更得朝野的尊崇。 有的說他“于榮利無毫發(fā)矜重”，有的說他“如野鶴孤云，無所留礙”?？滴跏哪辏?675年），玉琳國師六十二歲時南游，止于（淮陰）慈云庵，跌坐而逝。雍正十三年（1735年）皇帝撥?？钤谠却仍柒值幕A(chǔ)上擴(kuò)建“慈云禪寺”，乾隆四年（1739年）建成。寺后還建有“能仁國師塔” 。
咸豐十年（1860年）慈云寺毀于兵火。同治元年（1862年），住持僧靜修又募資重建，自殿宇神堂及門庭設(shè)施，全部恢復(fù)舊觀。
民國七（1918年），軍閥盤踞淮陰，部隊強(qiáng)占寺院，致使慈云寺二次遭受火災(zāi)，燒毀大雄寶殿。
現(xiàn)在慈云寺古剎只剩下金剛殿、藏經(jīng)殿、后殿及部分偏殿、耳房，是一處有待修復(fù)的古跡。